Bei polygrafischen Chiffren wird der Klartext zunächst in Gruppen mit einer bestimmten Anzahl von Buchstaben unterteilt (Polygramme). Für die Verschlüsselung wird dann für jede dieser Gruppen eine Substitution verwendet. Konzeptionell unterscheidet sich diese Substitution von monoalphabetischen oder polyalphabetischen Substitutionen, bei denen immer einzelne Buchstaben nach einem festgelegten Schema ersetzt werden.