Polyalphabetische Chiffren unterscheiden sich von monoalphabetischen dadurch, dass ein bestimmter Klartextbuchstabe nicht immer mit demselben Geheimtextbuchstaben verschlüsselt wird. Bei diesen Verfahren wird das Geheimtextalphabet nach einer festgelegten Regeln während der Verschlüsselung gewechselt, sodass dem gleichen Klartextbuchstaben unterschiedliche Buchstaben zugeordnet werden. Mit welchem Buchstaben ersetzt wird, kann zum Beispiel von der Position oder dem Kontext des Buchstabens im Klartext abhängig sein.