Das zweite Hauptstück (73 Aphorismen) rekonstruiert die Entstehung der moralischen Empfindungen. Moral erscheint nicht als transzendente Wahrheit, sondern als historisch-evolutionäres Produkt von Trieben, Affekten und sozialen Bedingungen. Mit der Methode der ›psychologischen Beobachtung‹ entlarvt Nietzsche den Glauben an Willensfreiheit, Schuld und sittliche Verantwortlichkeit als anthropozentrische Projektionen. Mitleid gilt ihm als für den Erkennenden schädlich, da es das eigene Gute perpetuiert und auf Unwissenheit beruht. Zentral ist die Unterscheidung zwischen den Moralen der Mächtigen und der Ohnmächtigen, deren jeweilige Wertordnungen geschichtlich wirksam wurden. In der Kritik an metaphysischen und religiösen Überhöhungen moralischer Begriffe begründet Nietzsche die Notwendigkeit, Moral genealogisch zu begreifen. Damit überführt er die erkenntnistheoretische Nüchternheit des ersten Hauptstücks in die Analyse der Lebenspraxis, wobei die methodische Strenge seines neugewonnen Blicks sichtbar wird.