Helmut Scharfetter spezialisierte sich nach seinem Studium im Fach Psychiatrie/Neurologie. 1940 wurde er Ordinarius für Psychiatrie und Neurologie an der Universität Innsbruck, und 1943 wurde er zum Dekan dieser Universität berufen. Obschon seine Einstellung zum Krankenmord offenbar ambivalent war, hat er den Tod zahlreicher Patienten mit zu verantworten. Nach dem Krieg wurde er von seinen Ämtern enthoben, konnte aber weiterhin als Psychiater praktizieren.