Versionsnummern sind – im Zusammenspiel mit einem Versionsverwaltungssystem – zwingende Voraussetzung für Nachvollziehbarkeit und damit essentiell für die wissenschaftliche Datenanalyse. Jede produktiv zur Datenverarbeitung verwendete Version einer Software sollte deshalb eine eindeutige Versionsnummer besitzen, die am besten automatisch mitprotokolliert wird. Gleichzeitig sollte es mit dieser Versionsnummer möglich sein, aus einem Versionsverwaltungssystem den korrespondierenden Zustand der Software wiederherzustellen. Versionsnummern sollten dabei möglichst sprechend sein, einem klaren Schema folgen und an genau einem Ort abgelegt und nach einem festgelegten Ablauf verändert werden. In der Praxis bewährt haben sich numerische Versionsnummernschemata wie SemVer, ein automatisches Hochzählen der Versionsnummer, sowie die klare Auszeichnung von Entwicklungsversionen, die nicht produktiv für die wissenschaftliche Datenverarbeitung eingesetzt werden sollten, weil bei ihnen die Eindeutigkeit und damit die Nachvollziehbarkeit nicht gewährleistet ist.