Softwarearchitektur ist die Gestalt eines Systems, die ihm von seinen Entwicklern gegeben wird. Darunter fällt die Aufteilung in einzelne Komponenten, deren Anordnung und Interaktion untereinander. Meist fehlt das Bewusstsein dafür, dass jedes System eine Architektur hat und dass sie wesentlich für die Qualität der Software ist. Qualität bemisst sich allgemein an den drei Kriterien Flexiblität, Wiederverwendbarkeit und Wartbarkeit. Auf Architekturebene wird die (fehlende) Qualität oftmals erst nach einer gewissen Zeit deutlich, in der akademischen Welt typischerweise, nachdem die ursprünglichen Autorinnen und Autoren weitergezogen sind. In Kombination mit dem fehlenden Bewusstsein für die Bedeutung von Software- und Systemarchitektur und der mangelnden Wertschätzung der Beschäftigung mit diesen Aspekten ist das ein Hauptgrund für die oft katastrophale Qualität wissenschaftlicher Software und damit in letzter Konsequenz mangelnder Wissenschaftlichkeit, weil die Nachvollziehbarkeit nicht (mehr) gegeben ist. Eine entscheidende Voraussetzung für eine erfolgreiche Architektur eines Gesamtsystems ist ein mentales Modell der komplexen Realität, das schriftlich ausformuliert ist und dessen Umsetzung sich im realen Quellcode widerspiegelt.