Epileptische Anfälle treten häufig im Akutstadium einer AIE auf, besonders wenn das limbische System betroffen ist. Sie entstehen durch eine gesteigerte Erregbarkeit der Nervenzellen im Gehirn, die durch Auto-Antikörper und Entzündungen verursacht wird. Anfälle können unterschiedlich sein und in schweren Fällen, wie dem Status epilepticus, länger andauern oder mehrfach hintereinander auftreten. Nur wenige Patienten entwickeln nach der AIE eine dauerhafte Epilepsie. Die Behandlung erfolgt meist mit Immunsuppressiva und Medikamenten, die die Erregbarkeit des Gehirns senken. Bei anhaltenden Anfällen kann eine operative Therapie in spezialisierten Zentren notwendig sein.