Auch das Hochstift Würzburg hatte durch die Säkularisation aufgehört zu existieren. Von 1806 an war Würzburg ein Großherzogtum und wurde vom Habsburger Ferdinand III. von Toskana regiert. Es war im Rheinbund mit dem Königreich Bayern und dem Französischen Kaiserreich alliiert. Nachdem Napoleon Bonaparte die Völkerschlacht bei Leipzig verloren hatte, wechselte der bayerische König Maximilian I. gerade noch rechtzeitig die Seiten und schloss sich den Siegern an. In der Folge belagerte im April 1814 ein bayerisch-österreichisches Heer Würzburg, woraufhin die französischen Besatzungstruppen abziehen mussten. Würzburg wurde danach dem Königreich Bayern zugeschlagen, das Wendemanöver Maximilians hatte sich ausgezahlt. Als sich Schönlein am 13. November 1814 zur Fortsetzung seines Studiums an der Universität in Würzburg einschrieb, war seit diesen turbulenten Ereignissen also gerade einmal ein halbes Jahr vergangen. In derselben Zeit entstand auch der Name Julius-Maximilians-Universität. Der erste Name stammt vom Gründer aus dem 16. Jahrhundert, Fürstbischof Julius Echter von Mespelbrunn, der zweite vom bayerischen König, wie auch bei der Landshuter Hochschule.