Die Lösung solcher Bewegungsgleichungen wird auch als Integration bezeichnet. Im Fall der Molekulardynamik mit ihrer großen Teilchenzahl (von Tausenden bis über hundert Millionen) und den komplexen Wechselwirkungen kann die Integration nicht analytisch erfolgen. Es bleibt daher nur der Weg einer numerischen Lösung, die in diesem Fall mit einer Diskretisierung der Bewegung einhergeht. Der Integrator liefert die Trajektorie, die Abfolge aller Atompositionen zu diskreten Zeitpunkten, die die Grundlage für alle weiteren Auswertungen der Simulation bildet.