Der Boden, und insbesondere der Wurzelraum der Pflanzen (Rhizosphäre), sind geprägt durch ein komplexes Netzwerk aus Bakterien, Archaeen, Viren, Protozoen, Pilzen, Pflanzen und Tieren. Viele Pflanzen leben in Symbiose mit Bakterien, Pilzen und Algen. So wird in Wurzelknöllchen, z. B. in Leguminosen durch endosymbiotisch lebende Bakterien Distickstoff gebunden. Die Wirtspflanze bietet den Prokaryoten eine ökologische Nische zur Reduktion von Distickstoff zu Ammonium, das in den Stickstoffkreislauf der Pflanze übernommen wird. Der symbiotische Verbund entsteht durch hochspezifische chemische Kommunikation zwischen den Partnern. Verschiedene Pflanzen stellen in ihren Organen Siedlungsräume für Distickstoffbindende Cyanobakterien zur Verfügung. Einige Pilzarten gehen ebenfalls effektive Symbiosen ein. Es entstehen ekto- und endotrophe Mykorrhizen. Signalstoffe beider Partner leiten die Etablierung der symbiotischen Beziehung ein. Der Grundstoffwechsel und die Bildung spezialisierter Metabolite werden aufeinander abgestimmt. - In Flechten existieren Symbiosen von Mykobionten, Photobionten und einem assoziierten Mikrobiom. Die physiologisch-biochemischen Eigenschaften sind die Voraussetzung für die weite Verbreitung von Flechten in den terrestrischen Lebensräumen.- In allen Zonobiomen bilden Gemeinschaften aus verschiedenen Organismengruppen auf Felsen und Böden biologische Krusten. Sie sind in allen Ökosystemen verbreitet, in denen Wasser und Nährstoffe limitiert sind und Licht mit hoher Intensität die Erdoberfläche erreicht. - Pflanzen sind in ihren Habitaten ständig Phytopathogen (Bakterien, Pilze, Oomyceten,Viren) ausgesetzt, die über Pathogenitätsfaktoren in den Wirtspflanzen Krankheiten auslösen können. Sie können Infektionen jedoch überstehen, wenn sie konstitutiv, induziert und systemisch abwehrbereit sind.