Wie jede andere vielzellige Spezies haben auch wir Menschen ein Mikrobiom. Das Mikrobiom ist eine Gemeinschaft von überwiegend kommensalen Mikroben, die sich von Nahrungsquellen innerhalb oder außerhalb unseres Körpers ernähren. Diese mutualistischen Mikroben besetzen Nischen in unserem Körper und interagieren mit fast allen Organen. Im Gegensatz zu bakteriellen Infektionen, bei denen eine bestimmte pathogene Spezies vorübergehend überhandnimmt (Kap.  9 ), funktioniert das Mikrobiom als ein ökologisches System, das aus vielen interagierenden Mikrobenspezies besteht, die dauerhaft unseren Körper besiedeln und im Allgemeinen zu unserem Wohlbefinden beitragen. Neben Bakterien umfasst das Mikrobiom auch kleine Protozoen, Archaeen, Pilze, Algen und Viren.