Hygiene befasst sich mit Maßnahmen der Gesundheitserhaltung, speziell mit der Vorbeugung von übertragbaren Krankheiten. Dazu sind Kenntnisse über Erreger, Übertragungswege und Bekämpfung nötig. Zentrale Behörde für Krankheitsprävention in Deutschland ist das Robert-Koch-Institut. Die Hygiene in Arztpraxen einschließlich der Meldepflichten ist gesetzlich geregelt. Für die HNO-Praxis sind die Händehygiene einschließlich der Hautpflege, die Schutzkleidung und Schutz ausrüstung, die Aufbereitung von Medizinprodukten, die Hygiene bei Tätigkeiten am Patienten und die Raumhygiene von Bedeutung. Die Praxis ist zur Aufstellung eines Hygieneplans verpflichtet, der alle Maßnahmen der Basishygiene und der erweiterten Hygiene auflistet, einschließlich genauer Arbeitsanweisungen der Durchführung. Für die Aufbereitung der HNO-Instrumente und Endoskope haben sich maschinelle Reinigungs- und Desinfektionsverfahren sowie die Dampfsterilisation bewährt. Für den Arbeitschutz der MFA sind vor allem die Bereiche Impfungen, Vermeiden von Unfällen und das Verhalten nach einer Stichverletzung wichtig.