Schon zu Beginn des 20. Jahrhunderts fiel den Genetikern William Bateson und Reginald Punnett auf, dass die unabhängige Segregation der Allele nach Mendel (Abschn. 7.1) sich nicht immer in Kreuzungen bestätigen ließ. Die Arbeiten von Thomas Hunt Morgan an Drosophila zeigten dann schließlich, dass Gene häufig nicht unabhängig voneinander, sondern dass einige von ihnen auch zusammen, also gekoppelt vererbt werden. Zur Erklärung dieser Beobachtung müssen wir auf die zellulären Grundlagen der Meiose zurückkommen. Die meiotische Rekombination der Allele findet auf zwei verschiedene Weisen statt (s. Abschn. 5.2). Die interchromosomale Rekombination wird durch die unabhängige Verteilung der homologen Chromosomen in der ersten meiotischen Teilung ermöglicht. Die intrachromosomale Rekombination kommt durch das Crossover während der Paarung der homologen Chromosomen in der Prophase der ersten meiotischen Teilung zustande. Diese beiden Mechanismen der Rekombination der Allele stellen die Grundlage für das Konzept der gekoppelten und ungekoppelten Vererbung in genetischen Kreuzungen dar. Wie aber erkennt man genetische Kopplung im Kreuzungsexperiment? Wie bemerkt man die Zugehörigkeit von zwei Genen zu ein und derselben Kopplungsgruppe, was zytologisch ja einem Chromosom entspricht?