Bei der genetischen Betrachtung der Meiose (Abschn. 5.3) haben wir gesehen, dass der diploide Genotyp eines Oogoniums oder Spermatogoniums (= Stammzellen der weiblichen bzw. männlichen Keimzellen; s. Abb. 5.8) verschiedene individuelle Kombinationsmöglichkeiten der mütterlichen und väterlichen Allele erlaubt. Die unterschiedlichen haploiden Genotypen der Eizellen und Spermien ergeben sich aus den verschiedenen Rekombinationsmöglichkeiten. Wenn bei der Befruchtung der Eizellen eines Individuums durch die Spermien eines anderen keine Bevorzugung oder Benachteiligung bestimmter Genotypen stattfindet, kann man eine Vorhersage über die Genotypen der zu erwartenden Nachkommenschaft machen und diese dann mit dem Ergebnis der Paarung oder Kreuzung vergleichen. Die Anwendung der Kreuzungsgenetik macht es möglich, Gene näher zu charakterisieren, d. h. ihren Erbgang zu beschreiben, sie einem bestimmten Chromosom und dort einem bestimmten Genlocus zuzuordnen. Die Kenntnis einer daraus erstellten Genkarte ist die Voraussetzung dafür, durch geplante Kreuzungsexperimente Tiere oder Pflanzen mit definierten Genotypen in Bezug auf einzelne Merkmale zu erhalten. Diese Merkmale waren ursprünglich äußerlich sichtbare Eigenschaften und wurden im Zeitalter der Molekularbiologie auf sogenannte ‚molekulare Marker‘, wie DNA‐Sequenzmotive (u. a. Mini- und Mikrosatelliten; s. Tab. 2.3), ausgedehnt, die eine genauere Kartierung von Genen im Genom erlauben.