Das eukaryotische Genom besteht zum größten Teil nicht aus Protein-codierenden DNA-Sequenzen, sondern aus vielen identischen oder sehr ähnlichen Sequenzwiederholungen. Dazu gehören auch solche, die ihre Positionen innerhalb des Genoms verändern können (Transposons). Einige der Transposons weisen starke Ähnlichkeiten mit Retroviren auf. Viele Retroviren sind pathogen und können Tumoren induzieren, weil sie bisweilen defekte zelluläre Gene oder Stücke davon mit sich tragen, die die normalen Funktionen dieser Gene beeinflussen und dadurch zu zellulären Fehlleistungen oder Fehlprogrammierungen führen können. Zur Variabilität des eukaryotischen Genoms gehört auch, dass sich in bestimmten Zellen irreversible Veränderungen der Genom-DNA vollziehen, die mit der Funktion des betroffenen Zelltyps zusammenhängen. Beispiele dafür finden sich in Einzellern wie Hefen oder Ciliaten, aber auch die Immunglobulin-Gene, die eine zentrale Rolle im Immunsystem der Säuger spielen.