Die Struktur und Funktion eukaryotischer Gene sind komplexer als diejenige prokaryotischer Gene. U.a. haben eukaryotische Gene eine Intron-Exon-Struktur, und Eukaryoten besitzen viele Gene in Familien identischer oder ähnlicher DNA-Sequenzen. Beispiele für Einzelgene sowie Multigen-Familien werden hier besprochen. Die Kontrolle der eukaryotischen Genexpression erfolgt auf verschiedenen Ebenen und umfasst Promotor, Enhancer und Locus-Kontrollregionen. Transkriptionsfaktoren binden an die jeweiligen DNA-Elemente und versetzen damit die RNA-Polymerase in die Lage, die Transkription zu beginnen, um eine zeitliche und räumliche Spezifität der Genexpression zu erreichen.