Die Schlafstruktur in der Höhe ist im Wesentlichen unverändert gegenüber der im Flachland, aber der Schlaf wird häufig unterbrochen durch respiratorische Arousals (Schlafunterbrechungen). Rapid-Eye-Movement (REM)-Schlaf und Tiefschlaf nehmen zugunsten von Leichtschlaf leicht ab. Hypoxie-induzierte periodische Atmung dominiert die Atmung im Schlaf in großen Höhen. Für die Ausprägung der Hypoxie-induzierten periodischen Atmung sind individuelle Unterschiede beim Atemantrieb bzw. dem „loop gain“ maßgeblich. Schnarchen und Schlafapnoe nehmen zunächst in mittleren bis großen Höhen zu. Dies muss bei Personen mit den entsprechenden schlafbezogenen Atmungsstörungen vor Beginn einer Höhentour bedacht werden. Acetazolamid verbessert den Schlaf in der Höhe durch indirekte Reduktion der respiratorischen Arousals bei Reduktion der Cheyne-Stokes-Atmung. Bestimmte Benzodiazepine wie Temazepam führen zu einer noch besseren Schlafqualität als Acetazolamid ohne jedoch die Atmung zu verändern.