Die Erzählung hat im Vergleich zu anderen Texten des Frühwerks eine komplizierte Entstehungs- und Publikationsgeschichte. Manns briefliche Äußerungen gegenüber dem Lübecker Schulfreund Otto Grautoff aus den Jahren 1894 bis 1896 lassen die Vermutung zu, dass Der kleine Herr Friedemann aus der Überarbeitung einer 1894 entstandenen Novelle mit dem Titel Der kleine Professor hervorgegangen ist. Wie Mann an Grautoff schreibt, wurde dieser nicht überlieferte Text weder vom Herausgeber der Zeitschrift Pan, Richard Dehmel, noch von der Berliner Zeitschrift Moderne Kunst zur Veröffentlichung angenommen.