Hier wird das wichtige Kapitel der Hygiene besprochen. Obwohl es sich praktisch nie um aseptische Eingriffe handelt und fast immer in der Proktologie eine sekundäre Wundheilung eintritt, muss eine Gefährdung der Behandelten durch Infektionen insbesondere mit Problemkeimen so weit wie möglich verhindert werden. Grundsätzlich entsprechen die hygienischen Anforderungen in ambulant operierenden Einrichtungen in der Koloproktologie den Auflagen, wie sie für andere chirurgisch tätige Fachrichtungen gelten. Eingriffe an Anus, Rektum und Kolon finden immer in einem bakteriell kontaminierten Bereich statt. Die normale Keimbesiedelung der Analregion ebenso wie des Darms kann durch Desinfektionsmaßnahmen nie ganz beseitigt, sondern lediglich reduziert werden. Die physiologische Darmbesiedlung (Mikrobiom) ist für diese Region nicht per se als pathogen anzusehen. Die üblichen Keime werden von der Immunabwehr des Körpers in dieser Region toleriert und nicht als Antigene angegriffen. Dennoch gelten bei der Durchführung der Eingriffe in kontaminierten Regionen die gleichen Regeln wie beim aseptischen Operieren. Auch sind die Grundsätze der Asepsis zu beachten, soweit sie in praxi umsetzbar, sinnvoll und nutzbringend sind. Bekanntlich können Wunden der Analregion eines regelrecht funktionierenden Darmes nicht von einer Keimkontamination abgeschottet werden. Dennoch lehrt die Erfahrung, dass diese im Allgemeinen nicht zu einer den Heilungsverlauf behindernden Wundinfektion führen.