Aufgrund des kornealen Immun- und (lymph)angiogenen Privileges sind Abstoßungsreaktionen nach perforierender Keratoplastik relativ selten (Niedrigrisiko-Keratoplastik) und lokale Kortikosteroide sind in der Regel ausreichend, um diese zu vermeiden. Müssen Hornhäute allerdings in stark entzündete Empfänger und/oder Empfänger mit pathologischen kornealen Neovaskularisationen transplantiert oder eine Re-Keratoplastik durchgeführt werden, steigt das Risiko einer Abstoßungsreaktion signifikant an (sog. „Hochrisiko-Keratoplastik“). Hier ist zur Prophylaxe von Abstoßungsreaktionen neben einer lokalen Kortikosteroidtherapie auch häufig eine systemische immunmodulatorische Therapie erforderlich. Aufgrund von Fortschritten in den Transplantationstechniken können die meisten Keratoplastiken heutzutage lamellär durchgeführt werden. Bei der Deep Anterior Lamellar Keratoplasty (DALK) gibt es kein Risiko einer endothelialen Transplantatabstoßung mehr, es können allerdings epitheliale, subepitheliale oder stromale Abstoßungsreaktionen auftreten. Diese sind in der Regel gut behandelbar. Das Risiko einer endothelialen Transplantatabstoßung nach Descemet Membrane Endothelial Keratoplasty (DMEK) ist im Vergleich zur perforierenden Keratoplastik signifikant geringer, verläuft in der Regel relativ mild und führt nur selten zu einem Transplantatversagen.