Jede Kontaktlinse stellt einen Eingriff in die Physiologie der Hornhaut dar. Die Schädigung kann mechanisch sein oder durch Stoffwechseländerungen mit Übersäuerung durch Sauerstoffdefizit entstehen. Dabei spielen die Tränenaustauschrate unter der Linse und die Gaspermeabilität der einzelnen Kontaktlinsen (KL) eine entscheidende Rolle. Bei lang anhaltendem Sauerstoffdefizit der Hornhaut während des Linsentragens kann es zu Endothelveränderungen kommen. Risikofaktoren für Kontaktlinsenkomplikationen (KLK) liegen vorwiegend in Hygienedefiziten und Handhabungsfehlern. Leitsymptom der KLK ist das kontaktlinsenassoziierte rote Auge, genannt CLARE. Zu den leichten KLK, bei denen nach Abheilen der Symptomatik die KL weitergetragen werden können, gehören das Tränenmangelsyndrom, die Keratitis punctata superficialis, auch "corneal staining" genannt, und die Hornhautrandvaskularisation. Nach verlängertem Tragen einer nicht optimal sitzenden KL kann ein Over-Wear-Syndrom entstehen. Die Kontaktlinse kann sich dabei am Auge festsaugen und so ein Tight-Lens-Syndrom hervorrufen. Werden mehrere Reinigungsflüssigkeiten bei derselben Linse verwendet, kommt es zu chemischen Reaktionen und es entsteht ein Mixed-Solution-Syndrom. Wenn die Hornhautrandvaskularisation abheilt, bleiben oft sog. Geistergefäße in der Hornhaut sichtbar. Man spricht dann von "ghost vessels". Bei nicht mehr passenden Linsen oder bei unsachgemäßer Handhabung kann eine korneale Erosio entstehen. Zu den schwerwiegenden KLK zählen Veränderungen, die das Kontaktlinsentragen weitgehend unmöglich machen und bleibende Schäden am Auge hinterlassen. Dazu gehören die GPC (gigantopapilläre Konjunktivitis), korneale Infiltrate, die mikrobielle Keratitis und deren Komplikation, das korneale Ulkus, mit Gefahr der Endophthalmitis. Häufigster und gefährlichster Keim ist Pseudomonas aeruginosa. Die am meisten gefürchteten KLK sind die Akanthamöbenkeratitis sowie Pilzinfektionen durch Candida albicans, Aspergillus und Fusarium species.