Die chronisch entzündlichen Darmkrankheiten, namentlich Morbus Crohn, Colitis ulcerosa und Colitis indeterminata, resultieren bei genetisch prädisponierten Personen aus einer überschießenden Entzündungsaktivität unter Beteiligung residenter Darmflora. Es handelt sich um chronische, schubweise verlaufende Erkrankungen, die im Allgemeinen konservativ behandelt werden. Für die Therapie des akuten Schubes kommen 5-Aminosalizylate (für die Colitis ulcerosa), topische oder systemische Glukokortikosteroide, aber auch zielgerichtete Antikörper (Biologika) oder andere krankheitsmodifizierende Moleküle infrage. Zur Remissionserhaltung können zudem Thiopurine oder MTX verabreicht werden, während die Glukokortikosteroide in dieser Situation keinen Stellenwert haben. Komplikationen bedingen eine chirurgische Therapie.