Zur medikamentösen Thromboembolieprophylaxe stehen parenterale und orale Antikoagulanzien zur Verfügung. Unfraktioniertes Heparin hat heute zur primären Prophylaxe nur noch einen untergeordneten Stellenwert, jedoch werden niedermolekulare Heparine und Fondaparinux für diese Indikation immer noch routinemäßig eingesetzt, da sie ein wesentlich breiteres Indikationsspektrum haben als die direkten oralen Antikoagulanzien. Letztere sind zur Thromboembolieprophylaxe nur für große orthopädische Eingriffe, wie z. B. Hüft- und Kniegelenkersatzoperation zugelassen. Auch ohne spezifisches Labelling werden sie in Deutschland allerdings häufig auch zur längerfristigen Prophylaxe nach Trauma oder kleineren operativen Eingriffen mit Ruhigstellung der unteren Extremität im Gipsverband eingesetzt. Das Haupteinsatzgebiet der oralen Antikoagulanzien betrifft die Schlaganfallprophylaxe beim Vorhofflimmern oder die Sekundärprävention nach einer venösen Thromboembolie. Deshalb erfordert das perioperative Management dieser Substanzen besondere Aufmerksamkeit und strukturierte Handlungsempfehlungen für die operative Medizin.