Die Frage nach der gesellschaftlichen Verantwortung der Wissenschaften steht im Zentrum aktueller wissenschaftspolitischer Debatten. Insbesondere transdisziplinäre Forschung wird als Möglichkeit gesehen, die Wissenschaften starker an gesellschaftlichen Herausforderungen auszurichten. Diese Entwicklung steht jedoch in einem Spannungsverhältnis zur Wissenschaftsfreiheit, die traditionell als Schutzmechanismus gegen externe Einflussnahmen verstanden wird. Der vorliegende Beitrag widmet sich dieser Thematik und analysiert, inwiefern transdisziplinäre Forschung mit den Prinzipien wissenschaftlicher Autonomie vereinbar ist. Dabei werden epistemologische Herausforderungen, methodische Besonderheiten sowie normative Spannungsfelder reflektiert. Die Untersuchung zeigt, dass transdisziplinäre Forschung eine verstärkte Wertorientierung und gesellschaftliche Responsivität mit sich bringt, jedoch zugleich die Gefahr einer Einschränkung wissenschaftlicher Unabhängigkeit birgt. Zur Auflösung dieses Dilemmas wird das Konzept der souveränen Offenheit diskutiert, das eine Balance zwischen gesellschaftlicher Relevanz und wissenschaftlicher Integrität anstrebt. Es wird argumentiert, dass eine produktive Verknüpfung von Wissenschaftsfreiheit und gesellschaftlicher Verantwortung vor allem durch reflexive, methodologisch abgesicherte und transparente Forschungspraktiken gewährleistet werden kann. Abschließend wird darauf hingewiesen, dass eine kritische Reflexion bestehender Qualitäts- und Evaluationskriterien notwendig ist, um transdisziplinäre Forschung langfristig in den Wissenschaftsbetrieb zu integrieren, ohne dabei ihre wissenschaftliche Eigenständigkeit zu gefährden.