Das Ziel dieses Kapitels besteht in der Einführung und Erläuterung der Grundlagen, die zum Bearbeiten des in dieser Arbeit beschriebenen Themas erforderlich sind. Im Folgenden wird zunächst auf die Moleküldynamik-Simulation und deren Eigenschaften eingegangen. Im Anschluss erfolgt eine Einführung zu Proteinen und Polypeptiden sowie deren Faltung und Entfaltung.