Die Gründung der EWG-Zollunion stand schon in den 1960er Jahren in Konflikt mit dem internationalen GATT-Abkommen. Ein Kompromiss mit den USA sah einen zollfreien Zugang für Ölsaaten und Getreidesubstituten auf den EG-Markt vor, was sich langfristig als Problem erwies. Die zollfrei importierten Futterkomponenten führten in den 1980er Jahren dazu, dass sich die Ausgabensituation der GAP verschärfte. Mit dem 1968 vorgelegten Mansholt-Plan für die Landwirtschaft 1980 sollten wettbewerbsfähige Betriebsstrukturen gefördert werden. Der Plan stieß auf Widerstand, sodass die Maßnahmen weitgehend kassiert wurden. Lediglich einige Strukturmaßnahmen wurden ab 1975 eingeführt, die die Vorläufer der heutigen Programme für ländliche Entwicklung darstellten. Durch den Zusammenbruch des internationalen Wechselkurssystems von Bretton Woods 1969 wurde die Architektur der GAP herausgefordert, da einheitliche Preise durch veränderte Wechselkurse unterlaufen wurden. Die EG-Kommission führte Grenzausgleichsbeiträge ein, die die einheitlichen Preise sichern sollten, allerdings wie interne Zölle und Exportsubventionen wirkten. Das so etablierte System erwies sich als sehr bürokratisch und kompliziert.