Wenn eine Trennung von psychischen und sozialen Systemen behauptet wird, muss die Systemtheorie zur „Unterscheidung von Erklären und Verstehen keine Position“ (Stichweh 2010, 24) beziehen. Über die Forschungsmethode(n) der Systemtheorie sind einige Diskussionen geführt worden, so lassen sich einerseits Positionen festmachen, wonach die Forschungsmethode der Systemtheorie die Systemtheorie selbst sei (Vogd 2010, 121). Andererseits wird der Benefit einer strukturierenden Methodik für die systemtheoretisch Forschenden hervorgehoben, welche helfe sich für den Gegenstand zu sensibilisieren (Vogd 2010, 122 f).