Mithilfe der Auszeichnungssprache XML wird in InDesign die strikte Trennung von Layout und Text ermöglicht. Eine sehr mächtige XML-Funktion in InDesign ist die Möglichkeit, zuvor importierte oder in InDesign erstellte XML-Tags vordefinierten Formaten wie Absatzformate, Zeichenformate und Tabellenformate zuzuweisen. So ist es möglich, binnen kürzester Zeit ganze Layoutvorlagen fertig formatiert mit Inhalten zu befüllen. Eine Extensible-Stylesheet-Language-Transformations(XSLT)-Datei gibt während eines XML-Imports u. a. vor, in welcher Reihenfolge die XML-Elemente sortiert werden sollen, sofern die Reihenfolge der Tags in InDesign von der der XML-Elemente abweicht. Um Vorkommnisse bestimmter Elemente, Attribute und Entities einer XML-Datei zu überprüfen, werden Document-Type-Definition(DTD)-Dateien eingesetzt. Sie geben demnach die erwartete XML-Struktur einer XML-Datei an. Eine weitere mit XML verwandte InDesign-Funktion ist die sogenannte InDesign Markup Language (IDML), welches eine von Adobe eingeführte Auszeichnungssprache ist, um ganze InDesign-Dokumente im XML-Format zu beschreiben. So wäre es theoretisch möglich, ein InDesign-Dokument komplett mit XML zu bearbeiten oder sogar zu erstellen. Basierend auf IDML sind sogenannte InDesign-Snippets im IDMS-Dateiformat. Eine Snippet ist eine XML-Datei, welches ein InDesign-Asset beschreibt. Es können beliebige InDesign-Assets als Snippet exportiert werden. Ebenso können sie in ein InDesign-Dokument importiert und beliebig bearbeitet werden.