Für Whitehead gilt Descartes als der Begründer der neuzeitlichen Philosophie, der ihr mit dem Cogito die Ausrichtung auf das menschliche Subjekt gab. Die menschliche Selbsterfahrung wurde zum eigentlichen Ausgangspunkt der Philosophie erklärt, was laut Whitehead als die größte philosophische Entdeckung seit Platon und Aristoteles zu werten ist. Whitehead kritisiert jedoch an Descartes, dass er die begriffliche Analyse der Erfahrung des Subjekts von tradierten Begriffen bestimmt sein ließ, nämlich von der auf das Substanz-Qualität-Schema reduzierten aristotelischen Kategorientafel. Dabei hat nun gerade dieses von Descartes zu unbeschränkter Herrschaft gebrachte Kategorienschema durch die Wendung zum Subjekt seine Gültigkeit verloren. Nehmen wir nämlich die menschliche Selbsterfahrung ernst, so stehen am Anfang der Philosophie nicht mehr Aussagen vom Typ ‚Dieser Stein ist grau.‘, sondern die komplexere Feststellung ‚Ich nehme wahr, dass dieser Stein grau ist.‘ Die erste geht aus einer Abstraktion hervor, die zwar ein vor allem in praktischer Hinsicht bedeutsames Teilmoment unserer Erfahrung einfängt, aber keineswegs unsere ganze Erfahrung. Was verloren geht, ist der unmittelbare Bezug zum realen Objekt (PRd, 297-298/ PR, 159-160).